Das Belize Barrier Reef erstreckt sich über 190 Meilen entlang der Küste des Landes und ist nach dem Great Barrier Reef in Australien das zweitgrößte Riffsystem der Welt. Vier Meilen südlich von San Pedro liegt sein zugänglichstes Fenster: das Hol Chan Marine Reserve.
Das 1987 als erstes Meeresschutzgebiet Mittelamerikas gegründete Reservat umfasst drei Quadratmeilen an Riffdurchbrüchen, Seegraswiesen und Mangrovenkanälen, deren Naturschutzgebühren direkt Patrouillenboote und Festmacherbojen finanzieren, die Ankerschäden verhindern. Ammenhaie, Stechrochen, Grüne Muränen und Karettschildkorallen navigieren durch Korridore, die durch Gezeitenströmungen in Geweih- und Gehirnkorallenformationen geschnitten wurden, welche durch Tiefe und Wasseraustausch Korallenbleichen überstanden haben.
San Pedro auf Ambergris Caye fungiert als operativer Knotenpunkt des nördlichen Riffs, von dem aus stündlich Glasfaser-Pangas zum Hol Chan Cut und dem angrenzenden Shark Ray Alley ablegen, wo Fischer früher ihren Fang reinigten und dabei unbeabsichtigt Rochen darauf trainierten, Bootsmotoren mit Futter zu assoziieren. Die Sichtweite beträgt am Morgen durchschnittlich 80 Fuß, bevor nachmittägliche Passatwinde Sediment aufwirbeln. Die Wassertemperatur liegt ganzjährig bei 79-82°F (26-28°C), sodass außer Sonnenschutz-Shirts kein Kälteschutz erforderlich ist. Das Reservat setzt eine No-Touch-Richtlinie durch, verbietet das Füttern von Fischen außerhalb ausgewiesener Zonen und begrenzt Gruppen auf 25 Schnorchler pro Reiseleiter, um den Stress für die ansässigen Arten zu reduzieren.
Schnorcheltouren in San Pedro, Belize, führen auch zu Standorten außerhalb von Hol Chan: Mexico Rocks im Norden bietet Korallenblöcke in 10 Fuß Tiefe, während Coral Gardens südöstlich der Insel Geweihkorallen-Dickichte bietet, die von Kaiserfischen und Blau-Doktorfischen besucht werden. Das Barriereriff fällt an seinem äußeren Rand auf 130 Fuß ab, bevor es in den Belize-Graben abfällt. Exkursionen mit mehreren Stopps kombinieren in der Regel flache Begegnungen mit Rochen im Seegras, Korallen-Schnorchelrunden in mittlerer Tiefe und abschließende Drift-Schnorchelgänge durch den Cut, wo die Strömung Schwimmer an Putzstationen für Zackenbarsche und Felsspalten für Langusten vorbeiführt. Die Anbieter halten sich an die Vorschriften des Fischereiministeriums von Belize, die zertifizierte Führer, Erste-Hilfe-Sets und UKW-Funkgeräte auf allen Passagierschiffen vorschreiben.
Die im Hol Chan erhobenen Naturschutzgebühren finanzieren seit 2014 Projekte zur Riffrestaurierung, einschließlich Korallenschulen, die Geweihkorallenfragmente auf geschädigte Bereiche verpflanzen. Der Erfolg des Reservats führte dazu, dass die Meeresschutzgebiete auf 13 % der Hoheitsgewässer von Belize ausgeweitet wurden. Die Nähe von San Pedro zum Riff – eine 20-minütige Bootsfahrt gegenüber 90 Minuten von Belize City – macht es zum primären Ausgangspunkt sowohl für halbtägige Schnorchelausflüge als auch für ganztägige Kombinationen, die Riffbesuche mit Strandstopps auf Caye Caulker oder unbewohnten Cayes entlang der inneren Lagune verbinden.
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