La Belize Barrier Reef si estende per 190 miglia lungo la costa del paese, seconda per dimensioni solo alla Grande Barriera Corallina australiana, e a quattro miglia a sud di San Pedro si trova la sua finestra più accessibile: la Hol Chan Marine Reserve.
Istituita nel 1987 come prima area marina protetta dell'America Centrale, la riserva copre tre miglia quadrate di canali corallini, praterie di alghe e canali di mangrovie dove le tasse di conservazione finanziano direttamente le barche di pattuglia e le boe di ormeggio che prevengono i danni causati dalle ancore. Squali nutrice, razze del sud, murene verdi e tartarughe embricate navigano in corridoi scavati dalle correnti di marea attraverso formazioni di corallo elkhorn e corallo cervello, che sono sopravvissute agli eventi di sbiancamento grazie alla profondità e al ricambio dell'acqua.
San Pedro su Ambergris Caye funge da hub operativo della barriera corallina settentrionale, con panga in vetroresina che partono ogni ora per il Hol Chan's Cut e la vicina Shark Ray Alley, dove i pescatori un tempo pulivano il pescato e hanno involontariamente addestrato le razze ad associare i motori delle barche al cibo. La visibilità media è di 80 piedi durante le ore mattutine prima che i venti alisei pomeridiani smuovano i sedimenti. La temperatura dell'acqua si mantiene costante tra i 26 e i 28°C tutto l'anno, eliminando la necessità di protezione termica oltre alle magliette anti-UV. La riserva applica una politica di non-contatto, proibisce l'alimentazione dei pesci al di fuori delle zone designate e limita i gruppi a 25 snorkelisti per guida per ridurre lo stress sulle specie residenti.
I tour di snorkeling a San Pedro in Belize accedono a siti oltre Hol Chan: Mexico Rocks a nord presenta gruppi di coralli massicci in 10 piedi d'acqua, mentre Coral Gardens a sud-est dell'isola offre fitti banchi di acropore frequentati da pesci angelo regina e pesci chirurgo blu. La barriera corallina scende fino a 130 piedi sul bordo esterno prima di sprofondare nella Belize Trench. Le escursioni con più soste sequenziano solitamente incontri in acque basse tra le alghe con le razze, transetti di corallo a media profondità e sessioni finali di snorkeling alla deriva attraverso il Cut, dove la corrente trasporta i nuotatori oltre le stazioni di pulizia delle cernie e le fessure delle aragoste spinose. Gli operatori rispettano le normative del Dipartimento della Pesca del Belize che richiedono guide certificate, kit di pronto soccorso e radio VHF su tutte le imbarcazioni passeggeri.
Le tasse di conservazione raccolte a Hol Chan finanziano progetti di ripristino della barriera corallina dal 2014, inclusi vivai di corallo che trapiantano frammenti di elkhorn su aree degradate. Il successo della riserva ha portato all'espansione delle aree marine protette al 13% delle acque territoriali del Belize. La vicinanza di San Pedro alla barriera corallina — un viaggio in barca di 20 minuti rispetto ai 90 minuti da Belize City — lo rende il principale punto di partenza sia per i tour di snorkeling di mezza giornata che per le combinazioni di intera giornata che uniscono tempo sulla barriera e soste in spiaggia a Caye Caulker o cayes disabitate lungo la laguna interna.
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