La barrière de corail du Belize s'étend sur 300 kilomètres le long du littoral du pays, deuxième en importance après la Grande Barrière de corail australienne, et à six kilomètres au sud de San Pedro se trouve sa fenêtre la plus accessible : la réserve marine de Hol Chan.
Établie en 1987 en tant que première zone marine protégée d'Amérique centrale, la réserve couvre près de 8 kilomètres carrés de passes récifales, d'herbiers marins et de canaux de mangroves où les frais de conservation financent directement les bateaux de patrouille et les bouées d'amarrage qui empêchent les dommages causés par les ancres. Requins nourrices, raies pastenagues, murènes vertes et tortues imbriquées naviguent dans des corridors creusés par les courants de marée à travers des formations de corail corne d'élan et cerveau qui ont survécu aux épisodes de blanchissement grâce à la profondeur et à l'échange d'eau.
San Pedro sur Ambergris Caye fonctionne comme le centre opérationnel du récif nord, avec des pangas en fibre de verre partant toutes les heures pour la passe de Hol Chan et Shark Ray Alley adjacente, où les pêcheurs nettoyaient autrefois leurs prises et ont involontairement appris aux raies à associer les moteurs de bateau à la nourriture. La visibilité moyenne est de 25 mètres pendant les heures du matin avant que les vents alizés de l'après-midi ne soulèvent les sédiments. La température de l'eau se maintient entre 26 et 28°C toute l'année, éliminant le besoin de protection thermique au-delà des chemises anti-UV. La réserve applique une politique de non-contact, interdit le nourrissage des poissons en dehors des zones désignées et limite les groupes à 25 plongeurs en apnée par guide pour réduire le stress sur les espèces résidentes.
Les excursions de plongée avec tuba au Belize depuis San Pedro accèdent à des sites au-delà de Hol Chan : Mexico Rocks au nord présente des amas de corail en blocs dans 3 mètres d'eau, tandis que Coral Gardens au sud-est de l'île propose des fourrés de corail corne de cerf fréquentés par des poissons-anges royaux et des chirurgiens bleus. La barrière de corail chute à 40 mètres à son bord extérieur avant de plonger dans la fosse du Belize. Les excursions à arrêts multiples enchaînent généralement des rencontres en eau peu profonde avec les raies, des traversées de récifs à profondeur moyenne et des dérivantes finales à travers la passe où le courant emporte les nageurs devant les stations de nettoyage des mérous et les crevasses des langoustes. Les opérateurs se conforment aux réglementations du département des pêches du Belize exigeant des guides certifiés, des trousses de premiers secours et des radios VHF sur tous les navires de passagers.
Les frais de conservation collectés à Hol Chan ont financé des projets de restauration des récifs depuis 2014, notamment des pépinières de corail qui transplantent des fragments de corne d'élan sur des zones dégradées. Le succès de la réserve a incité l'extension des zones marines protégées à 13 % des eaux territoriales du Belize. La proximité de San Pedro avec le récif — un trajet en bateau de 20 minutes contre 90 minutes depuis Belize City — en fait le principal point de départ pour les excursions de plongée avec tuba d'une demi-journée et les combinaisons d'une journée complète qui associent le temps sur le récif à des arrêts sur la plage à Caye Caulker ou sur des cayes inhabitées le long du lagon intérieur.
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